27 ноября 1941 года Указом Президиума Верховного Совета Киргизской ССР «Об увековечении памяти героя Отечественной войны» средней школе №6 города Фрунзе присвоено имя генерал-майора И.В.Панфилова.

С 25.00.1970 года средняя школа №6 стала школой с углубленным изучением французского языка.

На основании Постановления Совета Министров Киргизской ССР № 137 от 11.05 1990 г. «Об открытии новых типов общеобразовательных школ» и решения Фрунзенского городского совета народных депутатов №404 от 16.00.1990 г. школе присвоен статус общеобразовательной школы-гимназии №6.

С 1992 года гимназия становится многопрофильной. В соответствии с разработанной концепцией внедрения полилингвизма гимназисты начали изучать второй иностранный язык-английский и реализовывать программу развития государственного языка.

26 июня 1997 года школа получила статус учебно-воспитательного комплекса «Многопрофильная гимназия №6 с дополнительным образованием».

30 марта 2000 года присвоен статус: Авторский учебно-воспитательный комплекс «Многопрофильная гимназия с дополнительным образованием».

2000 год — Гимназия признана лучшей столичной школой года.

2003 г. Отмечена грамотой Госагентства по науке и интеллектуальной собственности при правительстве КР за активное участие в выставке «Инновационная деятельность в Кыргызской Республике-2003».

2009 год — Звание «Лучшая инновационная школа Кыргызской Республики».

2015 год — “Лучшая инновационная школа — 2015”