Кыргызско-Узбекский университет был образован в 1997 г. и в своем составе имеет 4 института и 12 факультетов. В составе университета также имеется юридическая клиника, энергетический проект "Темпус-Тасис", Центр по переводу и выпуску учебников; НИЦ "Природный камень", НИЦ "Альтерэнерго", НИЦ Медицина катастроф, НИЦ "Переходная экономика", НИЦ "Форменная одежда", Кыргызско-Узбекский профессиональный колледж и лицей, проблемные лаборатории по экологии, клуб любителей механики и клуб любителей природы, дизайн салон "Грация", бизнес-клуб "Эверест", телестудия "Гранит", музей этнографии и истории, культурно-эстетический центр, университетская газета "Планета Дружбы", спорткомплекс и спортклуб "Достук", типография, центр подготовки профессиональных водителей, курсы повышения квалификации преподавателей, медицинский пункт.

Университет имеет представительства в трех областях Кыргызстана. На 49 кафедрах работают более 500 преподавателей, из них 131 кандидатов, докторов наук и доцентов.

Университет имеет 7 учебных корпусов, развитую учебно-лабораторную и материальную базу, и готовит специалистов по 40 специальностям. Обучение ведется на трех языках (русском, кыргызском и узбекском).

Ректором университета является Райымбаев Чаткалбай Кенейбаевич.